La multifonctionnalité de l’agriculture est devenue petit à petit un sujet d’actualité dans la foulée du processus de Rio. Mis à part l’approvisionnement de la population en denrées alimentaires, d’autres prestations consistant par exemple à conserver la diversité biologique, à garantir la base génétique de la production des denrées alimentaires ou à contribuer à l’occupation décentralisée du territoire et l’entretien du paysage utilisé à des fins de recréation ont tout d’un coup gagné en importance.

La FAO a adopté en 1996 à Leipzig le Plan d'action mondial pour la conservation et l'utilisation durable des ressources phytogénétiques pour l’alimentation et l’agriculture. La Suisse a concrétisé celui-ci dans un Plan d’action national (PAN).

Dans un petit pays densément peuplé comme la Suisse, il est impossible de sauvegarder l’ensemble de la flore et de la faune dans les seules réserves naturelles. L’agriculture, qui exploite environ 40 % du territoire suisse, est donc un partenaire de poids lorsqu’il s’agit de la conservation et de l’utilisation durable de la biodiversité. Les lignes directrices ont été fixées à cette fin dans le cadre de la réforme de la politique agricole.

Depuis 1999, tout exploitant désireux de bénéficier de paiements directs doit apporter la preuve qu’il fournit les prestations écologiques requises. Les exigences afférentes sont notamment favorables à la biodiversité. La réforme agricole porte ses fruits : Il a été possible d’arrêter le recul des surfaces proches de l'état naturel dans le paysage ; la part de surfaces de compensation écologique a constamment progressé. Dans l’élaboration et l’évaluation des mesures agro-écologiques, l’OFAG est secondé par la station fédérale de recherches en agro-écologie et agriculture et celle en économie et technologie agricoles. Il entretient également d’étroites relations avec d’autres organisations, telles que l’Union suisse des paysans, la Station ornithologique de Sempach, Pro Natura et l’Institut de recherche en agriculture biologique.