La Svizzera è un Paese ricco d’acqua. L’agricoltura svizzera non corre quindi alcun rischio legato all’approvvigionamento idrico. Relativamente ridotte sono le superfici irrigate che si limitano soprattutto alle regioni più aride e alle aree destinate all’orticoltura.

Particolarmente importanti sono gli effetti della produzione agricola sulla costituzione della falda freatica e sulla qualità dell’acqua. Gran parte dell’acqua potabile passa attraverso i terreni agricoli. Mediante una gestione oculata l’agricoltura provvede affinché il suolo conservi la sua capacità d’immagazzinare acqua. Nel suo viaggio attraverso i terreni agricoli, l’acqua viene depurata dalle sostanze nocive. Tuttavia, attraverso l’agricoltura entra in contatto con altre sostanze, quali fosforo, azoto, residui di medicamenti ad uso veterinario e prodotti fitosanitari. Per garantire la qualità dell’acqua sono stati fissati dei limiti soglia a norma di legge nonché delle prescrizioni sulla gestione nelle zone di protezione delle acque.

La prova che le esigenze ecologiche sono rispettate, adempiuta da quasi tutti gli agricoltori, prevede il bilancio equilibrato delle sostanze nutritive, la protezione del suolo contro l’erosione e l’impiego mirato dei prodotti fitosanitari. Inoltre, la Confederazione può stanziare contributi ai Cantoni situati in regioni problematiche per provvedimenti volti a ridurre l’immissione di nitrati e fosforo nell’agricoltura.