Die Massnahmen im Pflanzenschutz bezwecken, die Einführung und Verbreitung von Krankheiten und Schädlingen bei den Pflanzen zu vermeiden.

Die schweizerischen Pflanzenschutzbestimmungen entsprechen den Prinzipien und Normen der Internationalen Pflanzenschutz-Konvention.

Bei der Einfuhr von Pflanzen und Pflanzenerzeugnissen gilt es, das Risiko einer Einschleppung von besonders gefährlichen Schadorganismen (Quarantäneorganismen) so klein als möglich zu halten. Das BLW kontrolliert, ob die entsprechenden Schweizer Vorschriften eingehalten werden. In Zusammenarbeit mit den landwirtschaftlichen Forschungsanstalten wacht es auch darüber, dass bei der Ausfuhr von Schweizer Pflanzen die phytosanitarischen Vorschriften der Bestimmungsländer eingehalten werden.

2001 wurde der Pflanzenpass für in der Schweiz in Verkehr zu bringende Waren eingeführt, gemäss dem Bilateralen Agrarabkommen mit der Euorpäischen Union von 1999. Pflanzenmaterialen sind der Passpflicht unterstellt, wenn sie als potenzielle Träger von besonders gefährlichen Schadorganismen eingestuft werden. Das BLW hat die Oberaufsicht über dieses Kontrollsystem. Das BLW koordiniert zudem die verschiedenen Massnahmen der kantonalen Pflanzenschutzdienste zur Überwachung der Kantonsgebiete und zur Bekämpfung allfälliger Krankheitsherde (z.B. Feuerbrand).