Les mesures phytosanitaires ont pour objectif d’empêcher l’introduction en Suisse et la dissémination des maladies et des ravageurs des végétaux.

Les dispositions suisses dans le domaine phytosanitaire sont conformes aux principes et aux normes de la Convention internationale sur la protection des végétaux.

Lors de l'importation de végétaux et produits végétaux, il est capital de réduire au minimum le risque d'introduction d'organismes nuisibles particulièrement dangereux (organismes de quarantaine). L’OFAG vérifie si les prescriptions suisses pertinentes sont respectées. En collaboration avec les Stations fédérales de recherche, il veille également à la conformité des végétaux suisses exportés aux exigences phytosanitaires des pays de destination.

Depuis 2001, un passeport phytosanitaire est requis pour les marchandises devant être mises en circulation en Suisse, conformément à l'Accord bilatéral agricole conclu en 1999 avec l’Union européenne. Le matériel végétal considéré comme support potentiel d’organismes particulièrement nuisibles est soumis au régime du passeport. L’OFAG assume la haute surveillance de ce système de contrôle. L’OFAG coordonne en outre les différentes mesures prises par les services phytosanitaires cantonaux pour surveiller le territoire des cantons et, le cas échéant, pour lutter contre les foyers de maladies (p. ex. feu bactérien).