Les nouvelles techniques de sélection végétale

Les technologies du génie génétique sont en perpétuelle évolution. L’OFAG, comme centre de compétence de la Confédération, suit de près ces changements en lien étroit avec les experts.

Evolution des techniques de sélection végétale
Depuis l’invention de l’agriculture au Néolithique, les agriculteurs ont sélectionné les semences. La sélection végétale s’est ainsi faite lentement et par croisements successifs utilisant les voies de reproductions naturelles. La sélection des cultures les plus répandues, comme le blé ou le maïs résulte d’un processus long, par croisements successifs de plantes d’une même espèce ou d’une même famille. Ce n’est qu’au début du XXe siècle avec la description des lois de la génétique qu’une science de la sélection végétale est apparue.

L’avènement de la biologie moléculaire il y a une trentaine d’années a permis virtuellement le transfert de n’importe quel matériel génétique d’une espèce à l’autre, indépendamment de son origine ou de sa destination. Une première génération de plantes génétiquement modifiées (PGM) a vu le jour dans les années 90, et leurs utilisations peuvent grossièrement se résumer en trois paramètres:

  • 3 plantes : soja, coton et maïs représentent 90% des cultures d’OGM dans le monde,
  • 3 pays majoritaires: USA, Canada et Argentine,
  • 2 propriétés: résistance à un herbicide et/ou production d’insecticide.

Leur culture est interdite en Suisse à ce jour par un moratoire. Certains PGM sont autorisés sous forme d’aliment ou de fourrages. 

L’édition génomique
Plusieurs nouvelles techniques qui permettent de modifier de manière très précise le génome des plantes ont vu le jour ces cinq dernières années. La méthode la plus prometteuse et la moins onéreuse est celle de « l’édition génétique ». Elle est basée sur un système d’enzymes (CRISPR-CAS) modifiant les génomes avec une précision encore jamais égalée. Ces techniques permettent de choisir et de modifier n’importe quelle partie du génome sans laisser de « trace » de la manipulation effectuée, brouillant ainsi la barrière autrefois nette entre PGM et non-PGM. 

Situation des PGM en Suisse
En Suisse, les PGM sont évalués au cas par cas suivant les dispositions de la loi sur le génie génétique (LGG, RS 814.91). La définition d’un OGM au sens de cette loi est la suivante : « Par organisme génétiquement modifié, on entend tout organisme dont le matériel génétique a subi une modification qui ne se produit pas naturellement, ni par multiplication ni par recombinaison naturelle. » (RS 814.91, art. 5, al. 2). Un moratoire interdit la culture d’OGM en Suisse, mais l’importation de certains types de matériel végétal issu d’OGM pour l’alimentation animale est possible (ord. RS 916.307.11). Il est important de noter que les standards d’évaluation et les obligations relatives à la gestion des risques diffèrent si la variété végétale est considérée ou non comme OGM au regard de la LGG. 

Evaluation légale de « l’édition génomique »
L’apparition de ces nouvelles techniques de sélection rend plus difficile l’interprétation et l’application de la loi. Le conseil fédéral, dans sa décision du 30 novembre 2018 a posé les bases d’une adaptation du droit aux techniques de nouvelles générations du génie génétique. Il note que : « si, d’un point de vue scientifique et juridique, cette nouvelle technologie est considérée comme une technique de modification génétique, il n’est en revanche pas encore clair si les produits issus de cette technologie doivent être considérés comme des organismes génétiquement modifiés au sens de la législation actuelle. »

D’autre part, le Conseil fédéral décrit : « Dans un premier temps, les instances fédérales compétentes étudieront les modalités de classification des nouvelles techniques de modification génétique et des produits qui en résultent en fonction des risques qu’ils représentent pour l’homme, les animaux et l’environnement. Les bases légales devront ensuite être adaptées et prévoir des degrés d’exigences différents selon les catégories de risque. Ces adaptations devront aussi couvrir les évolutions futures en matière de technologie génétique. Dans une seconde phase, il s’agira de discuter de normes spécifiques. »

Particulièrement, l'étiquetage légalement requis avec la mention «génétiquement modifié» semblerait insuffisant pour les produits d'édition du génome car leur traçabilité ne peut pas avoir lieu comme avec les OGM transgéniques.

Traçabilité des produits issus de « l’édition génomique » : un challenge technique
La mise sur le marché des variétés transgéniques en Europe est assortie d’une obligation pour les fabricants de développer et mettre à disposition une méthode de détection fiable et sensitive. Ces méthodes, basée sur la PCR quantitative (Polymerase Chain Reaction), et permettent d’identifier et de quantifier d’éventuelles contaminations à des taux très faible (de l’ordre de 0.1%) en se basant sur les séquences du transgène (ADN « nouveau » spécifique de cet évènement). Les laboratoires en charge de ces contrôles (comme le laboratoire FeedBio d’Agroscope Posieux pour la Confédération), utilisent ces tests depuis bientôt vingt ans, tout en s’adaptant régulièrement aux nouveaux PGM arrivant sur le marché.

Pour les nouvelles générations de PGM, dont les modifications peuvent être subtiles : modification d’une ou de quelques nucléotides dans les milliards de nucléotides que compte naturellement un génome. La possibilité de détection de ces modifications par les méthodes conventionnelles s’avère difficile. Plusieurs techniques alternatives à la qPCR, comme les techniques de séquençage haut-débit ou la détection de bio-marqueurs par la métabolomique, pourraient -à terme- permettre une détection plus compréhensive des modifications génétiques, aussi minimes soient-elles. Cependant, ces techniques, ainsi que leurs dérivées (par exemple, détection à l’aide de logiciels de « deep learning ») sont dépendantes de la disponibilité de données de références. L’un des enjeux de la détection sera également de permettre, comme c’est le cas actuellement, de produire des résultats solides et certifiés qui feraient éventuellement fois devant un tribunal.  

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Dernière modification 15.06.2020

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