Il principio della difesa fitosanitaria integrata è rappresentato sotto forma di una piramide. Nella strategia di difesa fitosanitaria integrata, dopo aver applicato le misure di prevenzione e tenendo conto di diversi strumenti decisionali, si applicano le misure di lotta dirette, dando la priorità a quelle non chimiche, a condizione che siano disponibili, efficaci ed economicamente sostenibili.
Con le misure volte a evitare l'introduzione e la diffusione di nuovi organismi nocivi per le piante (organismi di quarantena) alla base della piramide si intende ridurre il numero di nuovi interventi per la protezione delle colture. La certificazione di sementi e materiale vegetale integra queste misure di prevenzione e garantisce che il materiale utilizzato per l'impianto delle colture sia sano.
Anche a livello aziendale l'agricoltore dispone di diverse misure di prevenzione. La coltivazione di varietà resistenti, i metodi di lotta naturali che prevedono in particolare l'utilizzo di organismi utili, e l'avvicendamento equilibrato delle colture riducono la pressione esercitata da parassiti e malattie e in alcuni casi consentono di rinunciare all'applicazione di metodi di lotta diretti.
Grazie a supporti decisionali specifici è più facile valutare la necessità di una lotta diretta. Le previsioni meteo permettono di prevedere la comparsa di determinate malattie o parassiti. Anche il monitoraggio degli organismi nocivi e le raccomandazioni dei servizi fitosanitari cantonali sono importanti fonti d'informazione.
Laddove si rendono necessarie misure di lotta dirette, per combattere determinati organismi nocivi sono disponibili metodi biologici, biotecnici o fisici. I PF chimici vanno utilizzati soltanto come ultima ratio. Tuttavia, oggigiorno spesso si preferisce applicare questo tipo di prodotti poiché le alternative sono meno economiche, meno efficienti o non disponibili.