Das CFS legt bei der UNO-Generalversammlung – über den Wirtschafts- und Sozialrat der Vereinten Nationen (ECOSOC) – und bei der Konferenz der Ernährungs- und Landwirtschaftsorganisation der Vereinten Nationen (FAO) Rechenschaft über seine Tätigkeiten ab. Die Struktur des CFS besteht aus folgenden Einheiten: CFS Bureau and Advisory Group, Plenary, High Level Panel of Experts (HLPE) und einem Sekretariat.
Das Grundbudget des CFS wird zu gleichen Teilen von der Ernährungs- und Landwirtschaftsorganisation der Vereinten Nationen (FAO), dem Internationalen Fonds für landwirtschaftliche Entwicklung (IFAD) und dem Welternährungsprogramm (WFP) finanziert.