Le CSA rend compte de ses activités à l’Assemblée générale des Nations Unies, par l’intermédiaire du Conseil économique et social de l’ONU (ECOSOC) et à la Conférence de la Food and Agriculture Organization (FAO). La structure du CSA comporte un bureau et un groupe consultatif, une plénière, un groupe d'experts de haut niveau et un Secrétariat.
Le budget de base du CSA est financé à parts égales par l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO), le Fonds international de développement agricole (FIDA) et le Programme alimentaire mondial (PAM).