La CFS rende conto delle sue attività all’Assemblea generale delle Nazioni Unite, tramite l’intermediazione del Consiglio economico e sociale dell’ONU (ECOSOC) e alla Conferenza dell’Organizzazione delle Nazioni Unite per l’alimentazione e l’agricoltura (FAO). La struttura della CFS comprende un Ufficio e un Gruppo consultivo, una Seduta plenaria, un Gruppo di esperti di alto livello e una Segreteria.
Il suo preventivo di base è finanziato in parti uguali dall'Organizzazione delle Nazioni Unite per l'alimentazione e l'agricoltura (FAO), dal Fondo internazionale per lo sviluppo agricolo (IFAD) e dal Programma alimentare mondiale (PAM).