Quarantäneorganismen sind Pflanzenkrankheiten oder -schädlinge von potenzieller wirtschaftlicher Bedeutung, die in der Schweiz nicht oder nur lokal auftreten. Für sie gilt eine allgemeine Melde- und Bekämpfungspflicht. Damit ein Schadorganismus von einem Land als Quarantäneorganismus geregelt werden kann, muss eine Risikoanalyse nach internationalen Normen durchgeführt werden und es müssen spezifische Kriterien erfüllt sein. So müssen beispielsweise durchführbare und wirksame Massnahmen zur Verfügung stehen, mit denen sich die Einschleppung und die Verbreitung des Organismus verhindern und die von ihm ausgehenden Schäden mindern lassen.
In der Schweiz sind die Quarantäneorganismen in der Verordnung des WBF und des UVEK zur Pflanzengesundheitsverordnung (PGesV-WBF-UVEK, SR 916.201) im Anhang 1 geregelt.